4年后，也就是2014年，真嗣收到老碇的信件，通知他到位于箱根的第三新东京市。可能考虑到他精神情况特殊，老碇特地派了两个正装配墨镜的黑衣人上门。
为什么叫第三新东京市呢?因为原来的东京市在第二次冲击下被海啸摧毁，然后营建的第二新东京市，随着经济崩坏，战争爆发，又被新型炸弹摧毁。所以才有了第三新东京市，位于日本箱根，是专为对抗使徒建立的超级要塞。
“开始了，老碇的计划提前一年。”真嗣想。
这样才合理嘛，哪有使徒来袭才匆匆接废柴少年上马，万一途中被炸死使徒踩死，或者废柴少年死活不敢上……不知道老碇哪来的自信。
就算知道碇唯的灵魂会保护自己的孩子，没测过的东西，任何一个环节有问题都可能导致计划失败NERV自爆全剧完。
真嗣现在每天清醒时间提高到一小时左右，无论他做何种尝试都无法加快这个时间。
人格表里不一的情况，困扰他多年，百思不得其解。
表人格是正常成长的意识，无法共享里人格的前世记忆，除非里人格通过潜意识的暗示让他知道。
所以，表人格就只是个正常的自闭少年。好在经过多年的自我调教，表人格除了个性天真逗比，思维跳脱之外没什么大问题。
老师林昭雪特地请假过来送他，真嗣很感动，相处多年两人姐弟情分多些。
临别之际，“真嗣，我特地用六爻给你算了一卦，是大壮卦哦。”林昭雪又开始神棍了，真嗣很无奈。
“好吧，卦象何解?”真嗣只得配合她这个爱好。
“这是中上卦哦，此行不可莽撞，否则不吉……”她忘了什么，赶紧翻书查找起来。
“做决定要强健适中，不可过分消耗自己的力量。在事业顺利的时刻，尤其不可妄动。更应注意，很可能已经处于进退维谷的状态，务必自保待机，及早有所准备。”真嗣拿起手机查了查。
“对对对，真嗣，你青出于蓝啊!对卦意这么熟，可以出师了。”
真嗣撇撇嘴，“这是我开发的自动算卦解卦APP，只要点6次就可以出结果。作为临别最后的礼物吧。”
“啊，真嗣好厉害!快传给我。”林朝雪很满意，玩了下，“这可以省去我好多功夫啊。”
“那这三枚古币就送你了，作为纪念吧。”
真嗣只能收下。
没什么行李，昂贵的生物计算机实验开发设备都委托搬家公司打包好准备带走，实在带不走的便宜货只能作为垃圾处理了。
当然，最珍贵的设备就是小Q所在的高性能趣÷阁记本电脑和MAGI，趣÷阁电可以随身携带，去除不必要模块的简化版MAGI只能装在小型主机上，足有150公斤重，必须委托保险公司押运带走。
当然还有满墙的碇唯画像，统统打包带走。
NERV本部的MAGI系统如此庞大，是因为需要足够强大的性能，来维持整个基地的多个系统甚至政府的决策，相当于数据中心的存在。
保险起见，存储硬盘里面隐藏了微型炸弹，只要有人试图通过非法手段窃取内部数据，就会触发炸弹毁灭一切。
真嗣作为曾经的IT工作者当然知道灾备的重要性，在全球多处服务器都分卷加密备份了小Q和MAGI系统，甚至敏感数据都不敢保存在身边的设备上，确保万无一失，手头设备即使被破坏也可以很快恢复工作。
于是，真嗣比使徒来袭提前一年，来到了超级战争要塞都市——第三新东京市。
这座耗资可能达数十万亿美元的要塞都市，从2005年开始建设，十年后年使徒来袭前建成，这基建速度明显是开挂了。
来不及感叹NERV本部壮观的地下都市，真嗣就被带到老碇的办公室，那间宽大的、天花板画着卡巴拉生命树的大办公室，一起的还有冬月和金发白大褂的赤木律子。
此时的真嗣一幅外出旅游装扮，背着看起来不轻的双肩包，黑T恤配牛仔裤，肤色苍白，头发又长又乱，已经3个月没剪了。
戴着一副茶色眼镜(幸好是方框的不然就跟老碇同款)，以避免跟陌生人的目光接触，活脱脱一个老碇少年版。
手上拿着一本英文书，封面书名是《Strike_the_father_dead》(打死父亲)。
“好久不见，真嗣。”老碇开头打破尴尬的沉默。
真嗣的视线隐藏在刘海后面，好一会才听到回应，“嗯，你好，大叔。”声音像凉开水一样没感情。
冬月跟律子侧目，他们似乎看到老碇额头上的青筋隐现。
“你叫我什么?你连我都不认得了?”也许考虑到真嗣的情况，他语气尽量保持冷静。
遇到不认识的人说“好久不见”正常人会确认对方身份，但真嗣脑回路奇特。
真嗣抬头打量了老碇1秒又移开了视线，“哦，原来是爸爸，3243天前见过，那时你没有络腮胡。”
律子跟冬月心中一凛。
“叫你过来，是让你在这边学习——这两位是冬月老师和赤木律子博士，赤木博士会负责你的一些测验，注意配合。”
真嗣按礼节向两位长辈问好。“冬月老师，也是妈妈的老师吗?小时候听她提过。”
“没想到你对我有印象啊，我跟你母亲共事过一段时间。”冬月很意外。
老碇脸色更加阴沉了，“没什么事就这样吧。”说完用眼神示意律子。
“真嗣，跟我来。”
关门后，沉默了五六秒，冬月才开口：“很特别的孩子，像你。”
“我担心他的精神状况，到时候别不堪一用。”
“他刚才的表现很正常啊。”冬月笑道，老碇吃瘪可不常见。
走道里回响起律子跟真嗣的脚步声，从一开始杂乱，两人逐渐同步起来。律子加快脚步，真嗣跟上，又同步了。
律子感觉怪异，才想起真嗣的资料来。3岁时被诊断为高功能自闭症，在专业教育机构治疗至今。
天赋异禀，智力超常，自学掌握多门外语和计算机技术，具备大学知识水平但没有正式文凭。
脱离社会多年，不社交也没朋友，常年呆在房间里鼓捣电子设备。
疑似暴力倾向，喜欢体感格斗游戏，掌握多种格斗技巧，有教训小混混的记录……
问题少年一个，律子得出结论。
“赤木博士，你喜欢我父亲吗?”真嗣问。
律子一愣，心里起了巨大的波澜，但表面仍不动声色，“小孩子这种事不要乱说哦。”
“可是刚才你看我父亲的眼神，跟晨光里的小白看我的眼神一样耶。”真嗣说着，用手机找到小白的照片。
律子一看，果然是一只有故事的萨摩耶，眼神会说话……
律子：“……”
“小白很喜欢我的，每次要吃的都会这样看我。”真嗣“天真”地说。
真嗣一边说着，一边打量律子的红丝袜，“赤木博士，你也喜欢穿丝袜吗?红色的我没见过呢。”
“还……好吧。”律子的步伐开始凌乱了。
“我还记得小时候，晚上爸爸经常让妈妈穿黑丝袜，他们躲在房间里做这个游戏……家里买了好多黑丝袜却从没见过妈妈穿出去……”
“碇还有这个爱好……”律子的脸色开始发红。
“记得有一次，爸爸想让妈妈留长发，说最喜欢黑长直了。可妈妈说做实验不方便，最后还吵了起来。”真嗣继续胡说八道。
律子的脸色由红转紫。
“当时你还那么小，怎么可能记得那么清楚。”律子理智开始回归。
“168步。”
“什么?”律子停下来。
“出了办公室，你一共走了168步，现在170了。”
“我记事起就有这个天赋，很多东西都记得，老师也夸我记性好。”
“啊，美里，你怎么在这?”过道拐角，葛城美里路过时被叫住了。
“律子，这位是……你怎么了?”葛城见律子的脸色有些古怪。
律子除了控大叔感性外，脑子里全是理性逻辑，不擅长处理真嗣这个烫手山芋，于是赶紧甩锅。
“是碇司令的孩子。真嗣，这位是作战一课的葛城美里，由他负责你接下来的安排。还有明天的体检别忘了，我还有事先走了。”接着快速对葛城美里交代几句，扔下文件夹就落荒而逃，留下一脸迷之笑容的葛城美里。
葛城美里快速翻了翻真嗣的资料夹，俯身笑道：“真嗣是吗?告诉我，你对律子做了什么让她那么紧张啊?”律子的形象一直以来都是冷酷理智型的。
“没什么，我只是问她喜不喜欢我父亲。”
“什么?”葛城脸色一僵，“哈哈，你真有趣!”难怪了。
由于多年来的不安全感，真嗣控制里人格的觉醒非常吝啬。总担心出现意外来不及救援，所以能用表人格应付的事情，一般不启用里人格。
于是，自进入NERV本部，里人格就没活跃过，鬼知道会不会有什么事故发生。
“呐，真嗣，先看看这本NERV的介绍手册。”美里递给真嗣一本《欢迎来到NERV》的手册。
“你看什么书呢?”美里结果真嗣手里的书，一看封面，脸色一僵。
趁真嗣闷头看手册时，美里也开始仔细阅读真嗣的资料，只有薄薄两页，却越看眉头越皱。
“律子扔给我一个大麻烦啊。”
等电梯时，门开了，老碇在里面。
“碇司令。”美里马上打招呼。
真嗣连头都不抬，只顾翻页。
老碇气场十足的眼神对真嗣免疫。
尴尬的沉默持续了3秒，电梯门终于关上了。
美里若有所思，应该是想到她的父亲。看了真嗣的“可怜”经历，也许她在真嗣身上找到了自己曾经的影子。
葛城美里她从小被父亲抛弃，和母亲一起生活，经常看到母亲偷偷啜泣的她天真地认为是因为自己不够好才导致了父亲的离去，她并不了解研究是父亲舍弃了她们母女。
当她懂了之后，她开始憎恨父亲，他夺走了她童年的快乐，给了她痛苦的回忆，给了她一个悲伤的母亲和支离破碎的家庭，还有一颗孤僻而寂寞的心。
然而最刺激她的那一刹那——她最恨的父亲，在第二次冲击之前的最后几秒钟，将她送进了保护仓，使她成为第二次冲击的唯一生还者，并给她留下了胸前的疤痕、十字坠和最矛盾的回忆。
她曾经深恨的并以为决不会爱自己的人却舍弃性命救了她。不管是在第二次冲击即将发生之前，一切研究全部毁于一旦，使得她父亲终于醒悟家人才是根本，还是她父亲一直就爱她们母女，只是专注于事业无法自拔……总之，他救了她，牺牲了自己，起码说明他心里还有她，她以前的一切憎恨都源于他心里只有研究没有家庭。
而这一切的根源并不成立，但这些憎恨又不可能轻易抹杀。可以想象当时幼小的葛城心灵中对父爱的渴求和感激与对父亲的憎恨和敌视之间的激烈碰撞决不亚于第二次冲击。
于是，她3年没有开口。也许是遗憾所至，也许是后悔所至，也许是不解所至，也许是原谅所至，也许是爽然若失而不知何去何从……(这几段来自百度百科)